Le riprese della quarta stagione iniziarono nella primavera 1999 e durarono fino all'inverno 2000. Ci furono 15 nuovi episodi preceduti da un episodio a durata doppia in cui René Steinke fece la sua prima comparsa come Tom Kranich. Così, si formò la più famosa coppia di detective: Semir Gerkhan e Tom Kranich, che stettero insieme per cinque anni. L'episodio "Scacco matto" fu scritto quasi interamente da Erdoğan Atalay. L'episodio a durata doppia fu trasmesso in Germania il 16 dicembre 1999, i primi dieci episodi successivi furono trasmessi nei primi tre mesi del 2000, mentre i restanti cinque furono mandati in onda a novembre e dicembre 2000 da RTL.
Nella autunno del 2000 iniziarono le riprese di altri 16 nuovi episodi, preceduti da un episodio a durata doppia (che formarono insieme la quinta stagione). Questa stagione fu trasmessa tra la primavera 2001 e la primavera 2002.
Nella primavera 2002 ebbero luogo le ultime riprese della sesta stagione di Cobra 11 che era di nuovo formata da un episodio a durata doppia introduttivo e 16 episodi. I primi episodi furono trasmessi nel autunno 2002, mentre gli ultimi nella primavera 2003. Nell'ultimo episodio di questa stagione René Steinke lasciò Cobra 11. Questo, però, non fu un addio..